Det har gått to år siden Red og vennene hans beseiret Team Rocket i Saffron City. Bruno, en trener fra Elite Four, har utfordret Red til kamp. Red setter avgårde for å møte utfordringen, men forsvinner sporløst. Yellow, en ung trener, slår seg sammen med Pikachu for å finne Red, men Elite Four er på krigsstien.
I Pokémon-eventyrene Yellow del 1 fortsetter fortellingen om de merkelige små skapningene og trenerne deres. Etter at fortellingen om Red, Blue & Green ble avsluttet i forrige volum av Pokémon-eventyrene, kommer nå serien med en ny del, og ny helt, ved navn Yellow.