Historien om Gold, Silver og Crystal fortsetter! Med en helt ny Pokédex i lomma drar den unge treneren Crystal ut på eventyr for å fange alle slags Pokémon for å hjelpe professor Oak i arbeidet. Hva vil skje når den legendariske Suicune våkner opp? Samtidig, I Viridian City i Kanto, har blue blitt Gymleder, mens Red og Yellow har reist av sted mot Johto, og nå starter en helt ny ferd...