Etter at skipet hennes har krasjet på en måne, blir Samus Aran overfalt av en mystisk gruppe leiemordere. Alvorlig såret etter angrepet må dusørjegeren nå finne veien gjennom en underjordisk verden og tilegne seg nye evner for å komme seg tilbake til overflaten.
For å overleve i dette fiendtlige miljøet må Samus bruke sine latente Metroid-krefter til å gjenvinne energi ved å spise byttet sitt. Lamm fiendene ved å parere angrepene deres, og handle deretter raskt for å tømme dem for energi.
De fem romninjaene som overfalt Samus ligger på lur etter henne gjennom hele denne labyrintiske verdenen. Møt dem i spennende én-mot-én-kamper der du kommer tett på disse leiemorderne og deres kraftige våpen.